Response to Yang et al

Non peer reviewe

Blood Flow in silico: From Single Cells to Blood Rheology

This paper was presented at the 4th Micro and Nano Flows Conference (MNF2014), which was held at University College, London, UK. The conference was organised by Brunel University and supported by the Italian Union of Thermofluiddynamics, IPEM, the Process Intensification Network, the Institution of Mechanical Engineers, the Heat Transfer Society, HEXAG - the Heat Exchange Action Group, and the Energy Institute, ASME Press, LCN London Centre for Nanotechnology, UCL University College London, UCL Engineering, the International NanoScience Community, www.nanopaprika.eu.Mesoscale hydrodynamics simulations of red blood cells under flow have provided much new insight into their shapes and dynamics in microchannel flow. The presented results range from the behavior of single cells in confinement and the shape changes in sedimentation, to the clustering and arrangement of many cells in microchannels and the viscosity of red blood cell suspensions under shear flow. The interaction of red blood cells with other particles and cells, such as white blood cells, platelets, and drug carriers, shows an essential role of red blood cells in the margination of other blood components

Long-term changes in pharyngeal airway dimensions following activator-headgear and fixed appliance treatment

The aim of this study was to evaluate changes in the pharyngeal airway in growing children and adolescents and to compare these with a group of children who received activator-headgear Class II treatment. The sample consisted of 64 children (32 males and 32 females), 32 had a combined activator-headgear appliance for at least 9 months (study group) followed by fixed appliance therapy in most patients, while the other half received only minor orthodontic treatment (control group). Lateral cephalograms before treatment (T1, mean age 10.4 years), at the end of active treatment (T2, mean age 14.5 years), and at the long-term follow-up (T3, mean age 22.1 years) were traced and digitized. To reveal the influence of somatic growth, body height measurements were also taken into consideration. A two-sample t-test was applied in order to determine differences between the groups. At T1, the study group had a smaller pharynx length (P = 0.030) and a greater ANB angle (P < 0.001) than the controls. The pharyngeal area and the smallest distance between the tongue and the posterior pharyngeal wall also tended to be smaller in the study group. During treatment (T1-T2), significant growth differences between the two groups were present: the study group had a greater reduction in ANB (P < 0.001) and showed a greater increase in pharyngeal area (P = 0.007), pharyngeal length (P < 0.001) and the smallest distance between the tongue and the posterior pharyngeal wall (P = 0.038). At T2, the values for the study group were similar to those of the control group and remained stable throughout the post-treatment interval (T2-T3). Activator-headgear therapy has the potential to increase pharyngeal airway dimensions, such as the smallest distance between the tongue and the posterior pharyngeal wall or the pharyngeal area. Importantly, this increase seems to be maintained long term, up to 22 years on average in the present study. This benefit may result in a reduced risk of developing long-term impaired respiratory functio

Pedagogisen työn johtaminen positiivisen psykologian viitekehyksessä

Tiivistelmä. Tässä kasvatus- ja hallintotieteitä sekä psykologiaa yhdistävässä tutkielmassa tarkastellaan pedagogisen työn johtamista ja sen merkitystä pedagogisen instituution toimintakulttuurille sekä pedagogiselle hyvinvoinnille. Aihe on ajankohtainen, sillä koulutusinstituutiomme on nykyään jatkuvassa muutoksessa. Tämä haastaa pedagogisen työn tekemistä sekä sen johtamista. Muutokset vaativat usein näkökulmien uudelleen tarkastelua sekä toimintakulttuurin kehittämistä. Johtaminen vaikuttaa keskeisesti pedagogisen instituution toimintakulttuuriin. Toimintakulttuurilla puolestaan on keskeinen merkitys lapsen / oppilaan kohtaaman pedagogisen työn laatuun. Toimintakulttuuri on kokonaisuus, joka rakentuu pedagogista työtä ohjaavien normien ja toiminnan tavoitteiden tulkinnasta, johtamisesta ja työn organisoinnista, suunnittelusta, toteuttamisesta ja arvioinnista. Koulut ja päiväkodit ovat yhteiskuntamme keskeisiä pedagogisia instituutioita, joilla on suuri merkitys lasten / oppilaiden hyvinvoinnille. Koulujen ja päiväkotien johtaminen on tänä päivänä oma, vaativa professionsa, jota tekevillä ihmisillä on erityinen vastuu pedagogisen hyvinvoinnin tavoittelussa ja ylläpitämisessä. Pedagoginen hyvinvointi pitää sisällään sekä pedagogista työtä tekevien ihmisten että päiväkodissa tai koulussa olevien lasten / oppilaiden hyvinvoinnin ja oppimisen. Tutkielmassa tarkastellaan, miten positiiviseen psykologiaan perustuva positiivinen johtaminen voi mahdollistaa pedagogisen instituution toimintakulttuurin kehittämistä sekä edistää pedagogista hyvinvointia. Pedagogisen hyvinvoinnin merkitys tulisi jokaisen opetus- ja kasvatustyötä tekevän tiedostaa, sillä oppiminen on todennäköisempää ympäristöissä, joissa kaikenikäiset ihmiset voivat hyvin

How to project a bipartite network?

The one-mode projecting is extensively used to compress the bipartite networks. Since the one-mode projection is always less informative than the bipartite representation, a proper weighting method is required to better retain the original information. In this article, inspired by the network-based resource-allocation dynamics, we raise a weighting method, which can be directly applied in extracting the hidden information of networks, with remarkably better performance than the widely used global ranking method as well as collaborative filtering. This work not only provides a creditable method in compressing bipartite networks, but also highlights a possible way for the better solution of a long-standing challenge in modern information science: How to do personal recommendation?Comment: 7 pages, 4 figure

Päiväkoti positiivisena organisaationa:päiväkodin johtajien käsityksiä positiivisen organisaation toimintakulttuurista ja johtamisesta

Tiivistelmä. Tutkimuksen ”Päiväkoti positiivisena organisaationa” tavoitteena on tarkastella päiväkodin johtajien käsityksiä siitä, minkälainen toimintakulttuuri luo päiväkodista laadukasta varhaiskasvatusta toteuttavan positiivisen organisaation sekä sitä, minkälaisen johtamisen päi-väkodin johtajat kokevat edistävän positiivista toimintakulttuuria. Tutkimus pyrkii lisäämään tietoisuutta johtamisen vaikutuksesta varhaiskasvatuksen toimintakulttuuriin sekä laatuun ja näiden kautta pedagogisen hyvinvoinnin edistämiseen. Samalla tutkimus ottaa kantaa varhaiskasvatusalalla vallitsevaan työvoimapulaan sekä alan veto- ja pitovoiman haasteisiin. Tutkimuksen teoreettinen lähtökohta on monitieteinen. Teoreettisten lähtökohtien määrittelyssä on käytetty kasvatustieteen, hallintotieteen sekä psykologian tieteenalojen käsitteitä ja tutkimustietoa. Tutkimuksen teoriaosuus muodostuu johtamiseen, pedagogiseen johtamiseen, positiiviseen organisaatioon sekä pedagogiseen hyvinvointiin liittyvien teoreettisten näkökulmien ja tutkimustiedon esittelemisestä. Päiväkodissa toteutuva johtajuus on ensisijaisesti pedagogista johtamista sekä pedagogisen työn ja työyhteisön johtamista. Tutkimuksessa päiväkotia tarkastellaan positiivisena organisaationa, jossa johtaminen edistää ja kehittää myönteistä toimintakulttuuria sekä yhteisön hyvinvointia. Päiväkodissa toteutuvaa pedagogista johtamista lähestytään positiivisen organisaation PRIDE-teorian näkökulmasta. Tutkimuksen kohderyhmänä olivat keskisuuren Etelä-Suomessa sijaitsevan kaupungin kunnallisella sektorilla työskentelevät päiväkodin johtajat, joiden käsityksiä toimintakulttuurista, johtamisen merkityksestä ja vaikutuksesta kerättiin keväällä 2023 sähköisellä puolistruk-turoidulla kyselyllä. Tutkimus on toteutettu laadullisena fenomenografisena tutkimuksena, jossa tutkimusaineisto on analysoitu fenomenografisen tutkimuksen neljän vaiheen mukaan. Tutkimustulokset on esitelty käyttämällä horisontaalisia kuvauskategoriajärjestelmiä, jotka esittävät samalla vastauksia tutkimuskysymyksiin. Tutkimuksen tulosten mukaan päiväkodin johtajien käsitykset laadukasta varhaiskasvatusta tuottavasta päiväkodin toimintakulttuurista sekä johtamisesta pitävät sisällään kaikkia positiivisen organisaation PRIDE-teorian kriteereitä ja ominaisuuksia. Täten tutkimuksen lähtöoletus siitä, että päiväkoti positiivisena organisaationa pyrkii PRIDE-teoriaan sisältyvien osatekijöiden kautta vahvistamaan positiivisia ominaisuuksiaan, tuottamaan laadukasta varhaiskasvatusta sekä edistämään pedagogista hyvinvointia sai vahvistusta tässä tutkimuksessa

Emergence of a non-scaling degree distribution in bipartite networks: a numerical and analytical study

We study the growth of bipartite networks in which the number of nodes in one of the partitions is kept fixed while the other partition is allowed to grow. We study random and preferential attachment as well as combination of both. We derive the exact analytical expression for the degree-distribution of all these different types of attachments while assuming that edges are incorporated sequentially, i.e., a single edge is added to the growing network in a time step. We also provide an approximate expression for the case when more than one edge are added in a time step. We show that depending on the relative weight between random and preferential attachment, the degree-distribution of this type of network falls into one of four possible regimes which range from a binomial distribution for pure random attachment to an u-shaped distribution for dominant preferential attachment

Oncogenic Potential of Bisphenol A and Common Environmental Contaminants in Human Mammary Epithelial Cells

There is an ample epidemiological evidence to support the role of environmental contaminants such as bisphenol A (BPA) in breast cancer development but the molecular mechanisms of their action are still not fully understood. Therefore, we sought to analyze the effects of three common contaminants (BPA; 4-tert-octylphenol, OP; hexabromocyclododecane, HBCD) on mammary epithelial cell (HME1) and MCF7 breast cancer cell line. We also supplied some data on methoxychlor, MXC; 4-nonylphenol, NP; and 2-amino-1-methyl-6-phenylimidazo [4–b] pyridine, PhIP. We focused on testing the prolonged (two months) exposure to low nano-molar concentrations (0.0015–0.0048 nM) presumed to be oncogenic and found that they induced DNA damage (evidenced by upregulation of pH2A.X, pCHK1, pCHK2, p-P53) and disrupted the cell cycle. Some agents induced epigenetic (methylation) changes of tumor suppressor genes TIMP3, CHFR, ESR1, IGSF4, CDH13, and GSTP1. Obviously, the accumulation of these molecular alterations is an essential base for cancer development. Consistent with this, we observed that these agents increased cellular invasiveness through collagen. Cellular abilities to form colonies in soft agar were increased for MCF7. Toxic agents induced phosphorylation of protein kinase such as EGFR, CREB, STAT6, c-Jun, STAT3, HSP6, HSP27, AMPKα1, FAK, p53, GSK-3α/β, and P70S6 in HME1. Most of these proteins are involved in potential oncogenic pathways. Overall, these data clarify the molecular alterations that can be induced by some common environmental contaminants in mammary epithelial cells which could be a foundation to understand environmental carcinogenesis

On the Number of Closed Factors in a Word

A closed word (a.k.a. periodic-like word or complete first return) is a word whose longest border does not have internal occurrences, or, equivalently, whose longest repeated prefix is not right special. We investigate the structure of closed factors of words. We show that a word of length $n$ contains at least $n+1$ distinct closed factors, and characterize those words having exactly $n+1$ closed factors. Furthermore, we show that a word of length $n$ can contain $\Theta(n^{2})$ many distinct closed factors.Comment: Accepted to LATA 201

Correlations in Bipartite Collaboration Networks

Collaboration networks are studied as an example of growing bipartite networks. These have been previously observed to have structure such as positive correlations between nearest-neighbour degrees. However, a detailed understanding of the origin of this phenomenon and the growth dynamics is lacking. Both of these are analyzed empirically and simulated using various models. A new one is presented, incorporating empirically necessary ingredients such as bipartiteness and sublinear preferential attachment. This, and a recently proposed model of team assembly both agree roughly with some empirical observations and fail in several others.Comment: 13 pages, 17 figures, 2 table, submitted to JSTAT; manuscript reorganized, figures and a table adde